SD Aisyiyah Unggulan Gemolong didirikan oleh Majelis Dikdasmen Pimpinan Cabang Aisyiyah Gemolong pada tahun 2004. Ide dasar pendirian sekolah ini adalah aspirasi dari beberapa wali murid TK Aisyiyah 1 Gemolong yang merasa khawatir bila penanaman pendidikan Islam yang sudah di tanamkan di TK tidak dilanjutkan.
Dengan hanya modal semangat Pimpinan Cabang Aisyiyah Gemolong merespon aspirasi tersebut dengan mendirikan SD Aisyiyah. Proses pembelajaran pertama dilakukan gedung Pimpinan Cabang Muhammadiyah Gemolong karena sekolah ini belum memiliki lahan apalagi gedung.
Brand image SD Aisyiyah saat itu belum begitu dikenal, unik dan menjadi daya tarik tersendiri, inilah yang menjadi alasan menggunakan nama SD Aisyiyah. Penggunaan nama Aisyiyah biasa digunakan untuk TK namun belum lazim di gunakan untuk SD. Biasanya orang familier dengan menggunakan Muhammadiyah untuk setingkat sekolah dasar.
Berdasar pada hal tersebut dan penggagas berdirinya sekolah ini adalah ibu-ibu Aisyiyah maka dinamakan SD Aisyiyah Unggulan Gemolong sebagai gambaran SD ini memiliki program-program yang berbeda dari SD lainnya. Sekolah dasar Dengan nama Aisyiyah ternyata SD Aisyiyah Gemolong merupakan SD aisyiyah tertua di Jawa Tengah.
Berangkat dengan sesuatu yang baru dan beda, salah satunya adalah nama Aisyiyah Alhamdulillah pada tahun pertama ada kurang lebih 30 peserta didik mengenyam pendidikan di sekolah ini. Waktu demi waktu tahun demi tahun dengan ijin Allah dan semangat kerja team dari Yayasan Aisyiyah, komite, kepala dan guru karyawan, SD Aisyiyah bisa menunjukkan eksistensinya dengan memiliki lahan, gedung, sarana prasarana lainnya dan kepercayaan masyarakat semakin tinggi.
Islami dan Berprestasi adalah motto yang selalu di usung untuk tugas mulia mendidik anak bangsa sehingga menjadi pribadi yang unggul di masa yang akan datang. Perpaduan program dari pemerintah dan pendidikan Islam menjadi ciri khusus di SD ini.
Prestasi di segala bidang karena anak memiliki kecerdasan yang unik adalah sebuah keniscayaan dan hak mereka, namun prestasi itu harus dilandasi dengan akhlak mulia yang menjadi bekal kebahagian dan keselamatan di dunia dan akhirat.